Autotaxin蛋白修饰性位点的生物信息学预测.docx-全文可读

来自 : max.book118.com/html/2019/0614 发布时间：2021-03-25

Autotaxin在肿瘤细胞屮对肿瘤的发生和发展起着重要作用，其抑制剂的开发 可能为治疗肿瘤提供方法。Autotaxin蛋白的修饰性位点研究可为抑制剂开发提 供理论基础。本研究利用6款生物信息学软件对该蛋白的磷酸化位点进行了预测, 共有17个位点被重复预测到;并用4款软件进行了糖基化位点预测，共有4个位 点被重复预测到，为下一步实验验证奠定了基础。Autotaxin; 生物信息学; 磷酸化位点; 糖基化位点;作者简介：曹睿，E-ma订:caorui@webme订.hzau. edu. cn基金：山西省青年科技研究基金“人Autotaxin (ATX)基因及其编码蛋白的牛 物信息学分析” (2015021156)Autotaxin (ATX)蛋白1992年首次在人的黑色素瘤细胞系A2058中发现山，是 一种自分泌活性因子，是分子量为126-k Da的糖蛋白。能够以溶血磷脂酰胆碱 (lysophosphatidy Tcholine, LPC)为底物催化生成溶血磷脂酸 (lysophosphatidic acid, LPA),表现出磷酸二酯酶活性，被归为磷酸二酯酶 家族(EMPP2家族)⑵。除了磷酸二酯酶活性外，Autotaxin蛋白还同时具有焦 磷酸酶和ATP酶活性固。Autotaxin在肿瘤细胞中对肿瘤的发生和发展，特别 是肿瘤的迁移起着重要作用，其抑制剂的开发并被认为可能为治疗肿瘤提供方 法皿。在Autotaxin蛋白的催化结构域中一些氨基酸的糖基化至关重要，已有 研究表明Asn524的糖基化对于Autotaxin蛋白发挥活性是必需的。例如:在脂肪 细胞中，Asn53和Asn410的N端糖基化对于Autotaxin的分泌和活性很重要 [4-5] o因此研究Autotaxin蛋白的磷酸化、糖基化等催化位点非常重要，可以 釆取牛物信息学手段完成预测工作，为进一步挖掘其牛物学意义提供理论基础 和研究思路。1材料与方法1.1材料人Autotaxin蛋白fasta格式数据来自NCBT蛋白数据库，全长915 aa, Gen Bank 号为:AAA64785. k1.2方法Autotaxin蛋白的磷酸化位点分析分别利用软件D1SPHOS 1. 3回、Phospho Site Plus[7]、Kinase Phos⑻、Scansite[9]、Net Phosk[10]、Musite[ll]进行预 测，应软件是现今比丽用的磷酸花在点预测软件。— —Autotaxin （ATX）蛋白的糖基化位点（N-型、0-型）分别用Net NGlycl. 0[12]、 Uniprot 数据库、Net 0-Glyc4? 0[13]、 Yin 0Yang[14] 1. 2 软件进行预测。各数 据库软件参数如无特别说明均取丽晶（表1）。—表1预测工具软件简介 下载原表DISPHOS 1.3Iakoucheva et al, 2004 6jhLLp://www.(lal)i.LeniPhosphoSilePlusHornbeck et al,2012 7http://www?phosphoKinasePliosHuang et al, 2005 8http://kinaseph()s2jScansiteObenauer et al,2003 L)hLLp://scansite3.miL.NelPhoskBlom et al,2004 10hllp://www?cbs?(llu.(MusiteGao J et al,2010 n]hlLp:///NetNGlycl.OMass alii et al, 2015 12htlp://www.cl)s.(llLL(Uniprot数据库hllp://www.uniprot.(NelOGlvc4.0Massalii et al, 2015 13lilLp://cl)s.(ltLL(lk/seiYinO Yang 1.2R. Gupta et al,2002 14llllp：//wWW.cl)S.(llLL(2结果与分析2.1磷酸化位点分析结果6款软件预测的所有磷酸化位点中，有4款软件同时预测到的位点有2个，分别 是:S-330, T-328;有3款软件同时预测到的位点有3个，分别是:S-860, S-861, T-333;有2款软件同时预测到的位点有12个,分别是:S-5 S-302, S-308, S-326, S-327, S-729, S-741, S-865, T-210, T-2